信用保証協会が保証をして融資を行う場合（制度融資の場合を含む）、金利とは別に「信用保証料」というものがかかります。

日本政策金融公庫が所定の金利だけを支払えば融資を受けられるのに対し、信用保証協会の保証を受けた場合にはさらに、保証料を負担しなければならなくなります。

この信用保証料は、中小企業金融公庫に支払う信用保険料・代位弁済に伴う損失の補填・経費など信用保証制度を運用する上で必要な経費に充当されます。

これまで、信用保証協会付きの融資については、融資額の100％を信用保証協会が保証してきました。
しかし、平成１９年１０月１日からは、金融機関と信用保証協会とが適切な責任共有を図るという名目の下、保証の範囲が融資額の８０％に見直され、残りを銀行が負担することになりました。
この制度を、「責任共有制度」といいます。